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食品安全基本法の制定や、食品衛生法の改正は2003年５月に相次いでおこなわれました。また、食品安全基本法に基づく内閣府食品安全委員会も同年７月に発足しました。これら一連の変革は、BSE、O-157、無登録農薬などの事件や事故により高まった、食の安全を求める消費者の声に対応したものです。
食品安全基本法は、食品の安全の確保のための包括的な法的枠組みを定めています。「食品の安全性の確保は、このために必要な措置が国民の健康の保護が最も重要であるという基本的認識の下に講じられることにより、行わなければならない」（第３条）と明確にうたい、消費者保護を全面に打ち出したことが、これまでの法律や制度に比べ大きく変わった点といわれます。また、食品の安全については、これまでの「絶対安全を求める」という考えから、「食品の安全には『絶対』はなく、リスクの存在を前提に科学的手法にもとづき制御する」という立場を明確にしています。

 

このため、食品のリスク（健康への悪影響が生じる確率とその程度）への対応については、リスク評価とリスク管理を分離し、リスク評価は関係の行政機関がおこなうのではなく、新設の食品安全委員会が担当、リスク管理はこれまで通り厚生労働省や農林水産省などが担当することとしました。
「リスク評価」とは、食品を摂取することにより人の健康におよぼす影響について科学的に評価することを意味し、「リスク管理」とは、国民の食生活の状況などを考慮し、食品健康影響審査がおこなわれた時は、その結果に基づいて、基準の設定や規制の実施などの行政的対応をおこなうことです。
なお、リスク評価にあたっては、透明性を確保することとされ、委員会・議事録・提出資料等は原則公開とされています。ただし、個人の秘密、企業の知的財産権等、特定の者に不当な利益・不利益をもたらすおそれのある場合は非公開とされています。
さらに、データと明らかな証拠に基づいておこなわれたリスク評価について、関係者相互の情報と意見の交換によって社会的合意をえるという「リスクコミュニケーション」を食品安全委員会は推進することにしています。
たとえば、農薬の安全性評価（1日摂取許容量=ADI=の設定など）は食品安全委員会がおこないます。そして、この安全性評価に基づき厚生労働省や農林水産省が使用基準（残留基準など）を設定し実際の規制などをおこないます。
食品安全委員会の発足にともない、農林水産省では、リスク管理部門（具体的には農産安全管理課・農薬対策室）を産業振興部門から分離して新たに設置した消費・安全局に移したほか、農薬取締法を改正し農薬の回収命令制度も作りました。厚生労働省でも、食品保健部を食品安全部に改称し、そのなかに「輸入食品安全対策部」を設け、輸入食品のチェック体制を強化しています。

 

一方、食品衛生法の改正では、残留農薬規制にポジティブリスト制を導入しました。ただし、３年間の猶予期間をおき、実施は2006年5月29日に施行されました。ポジティブリスト制とは、残留基準が設定されていない農薬が残留する食品の流通を禁止することをいいますが、実際の農業生産の現場では、防除対象の農作物に隣接する他の農作物にも農薬が飛散し残留する可能性が否定できず、このような残留をも禁止すると、生産が成り立たなくなる恐れもでてきます。そのため、今回導入された制度では、残留基準が設定されていない農薬の残留については一定の底上げ（一律基準値）をして、それを超える残留のある農産物の流通を全面的に禁止するという対応をとっています。